Esta entrada en el blog cuenta con la colaboración de Lucía Payá Anglada, asociada senior en EY Abogados. Juntas, y formando equipo con nuestros compañeros del departamento de Incentivos Globales e Innovación, llevamos años explorando los entresijos de esta potentísima deducción. Este artículo es, por tanto, fruto de un trabajo compartido, de reflexión conjunta y de un compromiso firme con la mejora del entorno fiscal que impulsa la innovación.

1. Introducción: la deducción por I+D+i como motor de competitividad

La deducción fiscal por actividades de investigación, desarrollo e innovación tecnológica (I+D+i), constituye uno de los instrumentos más potentes —y a menudo infrautilizados— del sistema fiscal español. En un contexto económico marcado por la necesidad de transformación digital, sostenibilidad y productividad, este incentivo permite a las empresas recuperar hasta un 42% de los gastos en I+D y un 12% en innovación tecnológica, con posibilidad de arrastre durante 18 años o incluso existen mecanismos que permiten su monetización (cash-back) que anticipan el efecto de las deducciones con una quita del 20%.

El ejercicio por la Administración de sus potestades de intervención está sujeta a límites, uno de ellos es el establecimiento de un plazo máximo para resolver los procedimientos. Su razón de ser obedece al deber de las Administraciones públicas de dictar resolución expresa en los plazos marcados por la ley; con ello se pretende garantizar que los procedimientos administrativos que puedan generar obligaciones para los ciudadanos se resuelvan en un tiempo concreto, evitando la prolongación indefinida de los mismos por razones de seguridad jurídica. El incumplimiento de estos plazos conlleva como consecuencia jurídica la caducidad del procedimiento y el consiguiente archivo de las actuaciones, lo que no impide -fuera del non bis in idem procedimental propio del ámbito sancionador- la apertura de nuevo expediente sobre el mismo objeto, siempre que no haya transcurrido el plazo de prescripción.

La caducidad del procedimiento se constituye así, como una forma de terminación del procedimiento que penaliza la falta de diligencia de la Administración en el cumplimiento de los plazos legalmente establecidos para tramitar y resolver. La esencia de la caducidad de un procedimiento es que queda inhabilitado como cauce adecuado en el que poder dictar una resolución valida sobre el fondo.

A propósito de la STS de 2 de abril de 2025

Hace justo un año recordaba aquí^[1] al legendario guardián del espacio Buzz Lightyear y su memorable grito de guerra: «¡Hasta el infinito y más allá!». Me acordé de este personaje principal de la franquicia Toy Story cuando accedí a la lectura de la sentencia de 11 de marzo de 2024, rec. 8243/2022 en la que el Tribunal Supremo debía determinar de forma inédita si, tras la modificación introducida en el artículo 115 LGT2015, la Inspección puede declarar como simulado un negocio jurídico celebrado durante la vigencia de la LGT1963, cuyos efectos se proyectan en ejercicios todavía no prescritos. La respuesta del Tribunal casacional fue que tras la entrada en vigor de la Ley 34/2015 y cualquiera que sea la fecha de celebración del negocio calificado, se habilita a la Administración para el ejercicio retroactivo o hacia atrás de su potestad de comprobación, “al haberse alterado el régimen legal de la prescripción como consecuencia de la separación de las facultades de comprobar y de liquidar”.

Muy recientemente el Alto Tribunal se ha vuelto a pronunciar sobre la misma cuestión de interés casacional en la sentencia de 2 de abril de 2025, rec. 8998/2022. Este recurso de casación es idéntico, prácticamente, al decidido en la sentencia de 11 de marzo de 2024. La igualdad de ambos casos es tal que vienen referidos al mismo contribuyente pero a ejercicios distintos. Como se suscitó en ambos el mismo problema jurídico, la Sección se remite in totum a lo declarado en aquella sentencia, con valor de doctrina. Sin embargo, el magistrado ponente D. Francisco José Navarro Sanchís formula un voto particular concurrente en el que con su habitual maestría y elegancia literaria expresa su discrepancia con parte de la fundamentación jurídica que conduce al fallo.

Hasta que Breaking Bad recuperó el nombre de Heisenberg para el gran público, al científico alemán se le reconocía sobre todo por su principio de incertidumbre. Una especie de guinda de la teoría cuántica que, simplificando, establece que la posición y la velocidad de una partícula (como un electrón que gira en un átomo) sólo pueden medirse al mismo tiempo con una precisión limitada. Para Heisenberg, al igual que para la ciencia jurídica, la indeterminación equivale a incertidumbre. Y precisamente para poner fin a la incertidumbre que conllevan las situaciones claudicantes se erige la categoría jurídica de la prescripción, institución destinada a garantizar la seguridad jurídica y dirigida a procurar que el transcurso del tiempo no resulte inmune para la aplicación de la ley a las conductas de los sujetos obligados.

La disparidad de plazos entre la prescripción administrativa y la penal en el seno de los delitos contra la Hacienda Pública ha sido objeto de amplio análisis y discusión por la doctrina. Al fin y al cabo, nos encontramos ante un asunto de importancia capital: los efectos jurídicos del paso del tiempo. La existencia de dos plazos de prescripción distintos en una materia en la que tradicionalmente se han producido colisiones como es el delito fiscal -al tratarse de una norma penal en blanco-, provoca disfunciones y desencuentros que han sido abordados por la reciente Sentencia de la Sala de lo Penal del Tribunal Supremo de 7 de enero de 2025 (rec. núm. 4494/2022, ECLI:ES:TS:2025:49).

Como comentábamos en su día aquí (Emboscada a la deducción por innovación tecnológica) la falta de seguridad jurídica en la aplicación de los incentivos fiscales de investigación y desarrollo e innovación tecnológica actúa como una de las principales palancas a la innovación. Asimismo, tal y como denunciaba la AIReF aquí (La AIReF propone cambios en la deducción por I+D+i) desde el punto de vista de la comparativa internacional, el beneficio fiscal a la I+D+i presenta una eficacia potencial destacada, si bien su eficacia real se ve mermada por los límites y los requisitos normativos y aplicativos que frenan su acreditación plena.

1. Criterio seguido por la Administración tributaria en relación con la calificación como IT de los proyectos de software

En este sentido, en los últimos años la Inspección tributaria discute diversos aspectos de la aplicación de la deducción por actividades de investigación y desarrollo (I+D) e innovación tecnológica (IT) que regula la Ley del Impuesto sobre Sociedades. En particular, y en lo que aquí interesa, cuestiona la deducción en relación con los proyectos de software que, en general, se encuadran en el ámbito de la innovación tecnológica, soportando sus conclusiones en informes emitidos ad hoc por el Equipo de Apoyo Informático (EAI) del propio órgano actuante.

Confío en que esta entrada les encuentre ya a todos gozando del dolce far niente, tras un año de alto voltaje en el ámbito fiscal. Yo me encuentro en “las últimas”, pero nuestro querido webmaster, Lois Rodríguez Andrade, nos recuerda la importancia del compromiso asumido con nuestros taxlanders, incluso en época estival, pues resulta que hasta en agosto ¡hay viciosos de lo tributario! No seré yo quien traicione esa confianza.

Y precisamente de confianza, en concreto, de protección de la confianza legítima versa esta entrada, pues la sentencia que nos proponemos comentar aborda la cuestión atinente a si puede la Administración tributaria, ante un cambio de criterio de la DGT motivado por una mudanza jurisprudencial del TJUE, ampararse en el nuevo criterio para regularizar la situación tributaria de los contribuyentes que autoliquidaron el impuesto conforme al criterio anterior vigente al tiempo del nacimiento de sus obligaciones tributarias. Considero que la respuesta ofrecida por el Tribunal Supremo merece alguna reflexión, la cual comparto con ustedes en las líneas que siguen.