La exención en IVA de las entregas intracomunitarias: la conflictividad que no cesa (a propósito de la STJUE FLO)

La exención en IVA de las entregas intracomunitarias siempre ha estado rodeada de conflictividad, motivada por el deficiente diseño del denominado -suena a broma, a estas alturas- régimen transitorio. En dicho sistema la exención en origen se condiciona a que el destinatario de los bienes sea un empresario o profesional y se le entreguen los bienes en un Estado miembro distinto de aquel donde se inicia la expedición. En esta materia, se ha producido siempre una tensión entre los requisitos materiales de acceso a la exención y el cumplimiento de las obligaciones formales, dirigidas a facilitar su control. Como regla general, con los matices que luego veremos, la inobservancia de los deberes formales no puede dar lugar a la retirada de la exención, mientras que sí se produce dicho resultado como consecuencia del incumplimiento de los requisitos sustantivos de la exención.

Dicha tensión se ha visto reflejada en dos aspectos concretos, que, por ello, fueron objeto de reforma normativa. En primer lugar, en lo relativo al requisito de que el adquirente sea un empresario o profesional, materia en la que la jurisprudencia comunitaria había privado de relevancia a las deficiencias de la situación censal de aquél o a su número de identificación fiscal (por todas, STJUE de 6 de septiembre de 2012, asunto C-273/11, Mecsek-Gabona). Pues bien, la Directiva 2018/1910 procedió, entre otras reformas, a modificar el art. 138 de la Directiva IVA, al objeto de evitar la aplicación de dicha jurisprudencia. En concreto, introdujo una letra b) en el apartado 1, formulando la siguiente exigencia:

“b) el sujeto pasivo, o la persona jurídica no sujeta al impuesto, a quien se hace entrega de los bienes está identificado a efectos del IVA en un Estado miembro distinto de aquel en el que se inicia la expedición o el transporte de los bienes y ha indicado su número de identificación del IVA al proveedor”.

De esta manera, el legislador comunitario eleva el requisito formal de identificación del sujeto pasivo en un Estado miembro distinto del inicio de la expedición, así como su comunicación al transmitente, a la categoría de requisito de carácter sustantivo. Así lo indica expresamente el preámbulo de la Directiva, cuyo considerando séptimo afirma que “por lo que se refiere al número de identificación a efectos del IVA en relación con la exención de las entregas de bienes en el comercio intracomunitario, se propone que la inclusión del número de identificación a efectos del IVA del adquirente en el Sistema de intercambio de información sobre el IVA (VIES), asignado por un Estado miembro distinto de aquel en el que se inicie el transporte de los bienes, se convierta, junto con la condición de que los bienes se transporten fuera del Estado miembro de entrega, en una condición material y no formal, para la aplicación de la exención”.

Por tanto, no se puede afirmar ya que la exención de las entregas intracomunitarias de bienes dependa de la condición de sujeto pasivo del adquirente. Tener dicha condición, como recordaba el Tribunal en sus resoluciones, únicamente depende del desarrollo de una actividad empresarial, no de la regularidad de su situación censal, que sólo tenía relevancia en caso de que impidiera acreditar las condiciones materiales de la exención.

A partir de dicha reforma, la situación se altera de manera radical, ya que no basta, como hemos dicho, con que el adquirente sea un empresario o profesional actuando como tal, sino que resulta imprescindible, de cara a la aplicación de la exención, que aquél tenga otorgado por el Estado de destino, un NIF/IVA en vigor y que éste haya sido correctamente comunicado al proveedor de los bienes.

El segundo aspecto donde mayor conflictividad se ha producido es el relativo a la prueba del transporte de los bienes. En esta materia, la jurisprudencia comunitaria ha afirmado, sin género de dudas, que la exención se encuentra condicionada al transporte físico de los bienes hasta el Estado de destino y que dicha prueba incumbe al proveedor situado en el de origen (por todas, puede consultarse la STJUE de 27 de septiembre de 2007, asunto C-409/04, Teleos). No obstante, esta misma jurisprudencia ha flexibilizado esta exigencia, afirmando que el art. 138 de la Directiva IVA se opone a que las autoridades del Estado miembro de la entrega obliguen a un proveedor de buena fe y que ha presentado pruebas que justifican a primera vista su derecho a la exención, a pagar luego el IVA cuando aquéllas resulten ser finalmente falsas, pero sin que se haya demostrado la participación del proveedor en el fraude (podemos citar la misma Sentencia Teleos y la Sentencia de 9 de octubre de 2014, asunto C-492/13, Traum).

Pues bien, en esta materia también se produjo, como hemos adelantado, una intervención normativa. En concreto, el Reglamento de Ejecución 2018/1912 introdujo un nuevo art. 45.bis en el Reglamento de Ejecución 282/2011, a fin de unificar, en cierta medida, la prueba del transporte comunitario exigida en cada Estado miembro. Y ello se hace mediante la formulación de una presunción de existencia del transporte hacia el otro Estado miembro siempre que el sujeto pasivo aporte determinadas pruebas tasadas en defensa de su derecho.

La norma distingue entre los supuestos en que el transporte se realiza por el vendedor o por su cuenta, de un lado y, de otro, los casos en que es el comprador quien se ocupa de dicho transporte.

En el primer caso, se presume acreditado el transporte en dos supuestos. De un lado, si el vendedor puede aportar dos de los siguientes documentos probatorios, que no sean contradictorios entre sí, expedidos por dos partes que no estén vinculadas entre sí ni con el vendedor ni el comprador:

• Los documentos relacionados con la expedición o el transporte de los bienes, tales como una carta o documento CMR firmados, un conocimiento de embarque, una factura de flete aéreo o una factura del transportista de los bienes.

Por tanto y por la vía del ejemplo, la aportación de un CMR correctamente cumplimentado y firmado, junto con la factura del transportista, permite presumir que el transporte hacia el Estado de destino ha tenido lugar.

De otro lado, también se presume el transporte cuando éste se realiza por el vendedor o por su cuenta si éste aporta uno de los documentos que acabamos de examinar junto con otro de los siguientes, no contradictorio y ambos expedidos por personas no vinculadas entre sí ni con el vendedor ni el comprador:

• Una póliza de seguros relativa a la expedición o al transporte de los bienes, o documentos bancarios que prueben el pago de la expedición o del transporte de los bienes.

• Documentos oficiales expedidos por una autoridad pública, como un notario, que acrediten la llegada de los bienes al Estado miembro de destino.

• Un recibo extendido por un depositario en el Estado miembro de destino que confirme el almacenamiento de los bienes en ese Estado miembro.

En consecuencia, también pone en marcha la presunción, por ejemplo, la factura del transportista y el justificante bancario de su pago; o la carta de porte debidamente cumplimentada y firmada y la póliza de seguros relativa al transporte; o dicha carta de porte y un recibo de  un depositario del Estado de destino, que acredite su almacenamiento en dicho país.

En los demás casos, esto es, cuando el transporte se realiza por el comprador o por su cuenta, el sujeto pasivo debe acreditar el transporte, si quiere que opere la presunción, mediante la aportación de los documentos expresados en las dos combinaciones anteriores, más la siguiente prueba:

Una declaración escrita del adquirente que certifique que los bienes han sido expedidos o transportados por él o por un tercero en su nombre, y en la que se mencione el Estado miembro de destino de las mercancías.

La referida declaración, por disposición expresa del art. 45.bis, debe indicar la fecha de emisión, el nombre y la dirección del adquirente, la cantidad y naturaleza de los bienes, la fecha y lugar de entrega de los bienes, el número de identificación de los medios de transporte -en caso de entrega de medios de transporte- y la identificación de la persona que acepte los bienes en nombre del adquirente. La norma impone al adquirente el deber de presentar al vendedor dicha declaración escrita, como máximo, el día 10 del mes siguiente al de la entrega.

Debe resaltarse que estamos ante una presunción iuris tantum, ya que el apartado 2 del art. 45.bis precisa que “las autoridades tributarias podrán refutar una presunción realizada en virtud del apartado 1”. Ahora bien, dicho carácter de la presunción debe interpretarse de conformidad con la jurisprudencia comunitaria que hemos analizado en las páginas anteriores. En concreto, entendemos que, si el sujeto pasivo aporta los documentos probatorios que acabamos de exponer y éstos son aceptados en un primer momento por la Administración, ésta no puede, con ocasión de una comprobación posterior, denegar el derecho a la exención. Así lo impiden los principios de seguridad jurídica, proporcionalidad, neutralidad y libre circulación de mercancías, invocados por la Sentencia Teleos.

Para finalizar, queremos destacar que la inclusión de un listado de documentos probatorios cuya aportación pone en marcha la presunción de transporte, no puede interpretarse en el sentido contrario de que no cabe la aportación de pruebas diferentes. Esta posibilidad de acreditar el transporte por cualquier medio admitido en Derecho siempre le asiste al sujeto pasivo, ya que el art. 45.bis del Reglamento 282/2011 no establece un sistema de prueba tasada, sino tan solo una presunción. Por ello, las Administraciones tributarias deben admitir pruebas distintas de las consignadas en el listado, y no convertir, en la práctica, una presunción construida para dar seguridad a las partes y, sobre todo, al contribuyente, en un sistema de prueba tasada en su contra.

Esto es, precisamente, lo que ya ha comenzado a suceder, dándose casos en los que las Administraciones tributarias de los Estados se niegan a valorar pruebas distintas a las incluidas en el art. 45.bis del Reglamento 282/2011. Es el supuesto examinado por la Sentencia de 13 de noviembre de 2025, asunto C-639/24, FLO VENEER, donde el proveedor de los bienes había aportado las facturas de venta y los documentos de transporte (CMR), pero no el conjunto de las pruebas que permiten poner en marcha la presunción formulada por el art. 45.bis del Reglamento 282/2011. Ello condujo a las autoridades croatas a denegar la aplicación de la exención, liquidando la operación como si se tratara de una entrega interna.

Pues bien, ante esta situación, el Tribunal rechaza la interpretación sostenida por la Administración tributaria croata con cuatro argumentos, que compartimos. En primer lugar, mediante la aplicación de un criterio de interpretación literal, ya que la norma establece expresamente una presunción, lo que implica, en sentido contrario, que “no enumera de manera exhaustiva los elementos de prueba necesarios para acreditar la existencia de una entrega intracomunitaria” (apartado 16). De aquí se deduce que “cuando no se cumplan los requisitos de aplicación de la presunción, las autoridades tributarias están obligadas a apreciar todo elemento de prueba aportado por el vendedor de los bienes a fin de determinar si este ha logrado demostrar que dichos bienes han sido objeto de una entrega intracomunitaria”.

En segundo lugar, dicha interpretación se ve corroborada si acudimos a un criterio teleológico, ya que, el propio preámbulo de la norma que introdujo la presunción afirma que la finalidad perseguida era la de facilitar la práctica de la prueba (apartado 17). Por tanto, una medida dirigida a reforzar la seguridad de los empresarios vendedores no puede convertirse en una nueva carga que les haga más complejo el acceso a la exención.

En tercer lugar, si la aportación de unos elementos de prueba distintos a los previstos en el art. 45.bis permitiera, por sí sola, denegar la exención, estaríamos condicionándola a un motivo meramente formal, sin importar si la entrega intracomunitaria se hubiera producido efectivamente. A diferencia de lo que sucede con el NIF/IVA del adquirente, la norma no ha convertido la aportación de los elementos de prueba previstos en el art. 45.bis en un requisito material o sustantivo de la exención. Por tanto, se aplica la doctrina general relativa al incumplimiento de los requisitos formales, que solo pueden dar lugar a la pérdida de la exención en dos casos. De un lado, si se trata de sujetos pasivos que han participado deliberadamente en una operación fraudulenta -teoría del conocimiento- y, de otro, si el incumplimiento formal tiene como efecto impedir la aportación de la prueba de que se ha cumplido con el requisito material (apartado 20, que sigue, en este punto, la doctrina establecida en la Sentencia de 9 de febrero de 2017, asunto C-21/16, Euro Tyre).

Finalmente, la Sentencia FLO VEENER invoca un principio muy similar al español de facilidad probatoria, que ya fue formulado por la Sentencia de 29 de febrero de 2024, asunto C-676/22, B2 Energy. Con arreglo al mismo, las autoridades tributarias deben tener en cuenta todos los elementos que obren en su poder, a fin de examinar si dichos documentos pueden justificar la existencia verosímil de entra entrega intracomunitaria efectiva (apartado 21).

En fin, estamos ante una resolución que muestra de forma muy clara la difícil situación a la que se enfrentan los operadores intracomunitarios, que se ha visto clarificada en el aspecto de la condición del adquirente, pero que sigue teniendo, como gran escollo, la prueba del transporte. No solo es difícil para los vendedores preconstituir la prueba de la entrega intracomunitaria, en especial cuando el transporte es realizado por el comprador o por su cuenta. Además de dicha dificultad, la situación ordinaria es que se enfrenten a una Administración tributaria que es consciente del número de operaciones fraudulentas que se producen, así como de su importancia cuantitativa, lo que le lleva a actuar de manera especialmente rígida en la acreditación del transporte. La combinación de ambos factores produce, como resultado, una situación de absoluta inseguridad, que interfiere en el correcto desarrollo de los intercambios comunitarios y, en general, en el funcionamiento del mercado interior.

Jesús Rodríguez Márquez

Abogado y Profesor de Derecho Financiero y Tributario