Claroscuros en la deducción por I+D+i: el TEAC entre la tutela del contribuyente y la consolidación del nuevo criterio administrativo restrictivo

Esta entrada en el blog cuenta con la colaboración de Lucía Payá Anglada, asociada senior en EY Abogados. Juntas, y formando equipo con nuestros compañeros del departamento de Incentivos Globales e Innovación, llevamos años explorando los entresijos de esta potentísima deducción. Este artículo es, por tanto, fruto de un trabajo compartido, de reflexión conjunta y de un compromiso firme con la mejora del entorno fiscal que impulsa la innovación.

1. Introducción: la deducción por I+D+i como motor de competitividad

La deducción fiscal por actividades de investigación, desarrollo e innovación tecnológica (I+D+i), constituye uno de los instrumentos más potentes —y a menudo infrautilizados— del sistema fiscal español. En un contexto económico marcado por la necesidad de transformación digital, sostenibilidad y productividad, este incentivo permite a las empresas recuperar hasta un 42% de los gastos en I+D y un 12% en innovación tecnológica, con posibilidad de arrastre durante 18 años o incluso existen mecanismos que permiten su monetización (cash-back) que anticipan el efecto de las deducciones con una quita del 20%.

Según los últimos datos disponibles, España dedica apenas un 0,8% del PIB a inversión privada en I+D, muy por debajo del promedio de la UE-27 (1,5%). Esta brecha se agrava en el sector privado, donde la inseguridad jurídica y la complejidad normativa han limitado la efectividad de los incentivos fiscales. A pesar de contar con un marco legal sólido, los obstáculos administrativos, las discrepancias interpretativas entre órganos de la Administración y la falta de estabilidad en los criterios aplicables han generado un entorno de incertidumbre que desincentiva la inversión tal y como  reflexionaba en post anteriores Emboscada a la deducción por innovación tecnológica y De la deducción por innovación tecnológica y la restitución de la seguridad jurídica.

La deducción por I+D+i no sólo debe ser vista como un beneficio fiscal, sino como una herramienta estratégica de política industrial. Su correcta aplicación puede impulsar la competitividad empresarial, fomentar la innovación transversal y contribuir al crecimiento económico sostenible. En este sentido, las recientes resoluciones del TEAC de 17 de julio de 2025 (RG 1267/2025 y RG 5685/2024) suponen un hito interpretativo que clarifica el alcance de la deducción y refuerza la seguridad jurídica de los contribuyentes.

2. La controversia: consignación previa y cambio de criterio de la DGT

Una de las cuestiones más controvertidas en materia tributaria en estos últimos años ha sido la acreditación de deducciones en el Impuesto sobre Sociedades que han sido generadas en ejercicios anteriores. Si bien las deducciones se deben acreditar en el ejercicio en el que se genera el derecho a su consignación, en determinadas ocasiones se plantea la posibilidad de su acreditación en una autoliquidación de un ejercicio posterior, como consecuencia de la obtención de nueva información, de la detección de una omisión o error en un ejercicio previo, o incluso por un criterio de prudencia, cuando no se dispone de información completa sobre la deducción en el momento de la presentación de la autoliquidación original, lo cual en el caso de la deducción por I+D+i es un escenario muy habitual, cuando se ha solicitado informe motivado y no ha sido emitido en plazo.

Durante varios años, la Dirección General de Tributos (DGT) admitió la posibilidad de acreditar deducciones en autoliquidaciones de periodos posteriores, sin necesidad de rectificar las previas (vid., entre muchas otras, V0802-11, V0297-12, y V2400-14). De acuerdo con este criterio, una deducción que se hubiese generado, por ejemplo, en el ejercicio 2010, podía ser acreditada en la autoliquidación del Impuesto sobre Sociedades de 2020, es decir, 10 años más tarde, pero siempre dentro del plazo de aplicación máximo establecido en la norma (18 años en el caso de las deducciones de I+D+i).

En junio de 2022 – vid. consulta n.º V1511-22, de 24 de junio-, la Dirección General de Tributos modificó su criterio sobre la exigencia de consignación previa de la deducción por I+D+i en el ejercicio de generación. El nuevo criterio exige, como presupuesto previo para la aplicación de estas deducciones, su consignación en la autoliquidación del impuesto correspondiente al periodo de su generación, lo que no era exigible bajo el criterio previo. Este abrupto cambio de criterio administrativo generó una profunda inseguridad jurídica en los contribuyentes que, ajustándose al criterio administrativo anterior, no habían incluido la deducción en su autoliquidación del Impuesto sobre Sociedades correspondiente al periodo de generación.

El TEAC, en sus resoluciones de julio de 2025, aborda la problemática que supone la existencia de dos criterios sucesivos y opuestos del órgano consultivo, desde el prisma del principio de la confianza legítima obligando a diferenciar los siguientes supuestos:

• Autoliquidaciones presentadas antes del 24 de junio de 2022: no puede exigirse la consignación previa como requisito sobrevenido. La deducción puede aplicarse en ejercicios posteriores si se cumplen los requisitos sustantivos.
• Autoliquidaciones presentadas después del 24 de junio de 2022: la consignación previa o la rectificación de la autoliquidación es obligatoria. No cabe invocar la confianza legítima, pues el nuevo criterio ya estaba vigente. Esto es, la acreditación del derecho a aplicar la deducción sólo puede realizarse mediante la inclusión de su importe en la autoliquidación correspondiente al período impositivo en el que se genera o mediante su reconocimiento en tal período en una liquidación administrativa, ya sea tras un procedimiento de comprobación o en virtud de una solicitud de rectificación de la autoliquidación de dicho ejercicio, presentada en el plazo legalmente previsto.

3. Trascendencia práctica

El criterio establecido por el TEAC en las resoluciones objeto del presente comentario tiene una enorme trascendencia práctica. Pensemos en el caso de una empresa tecnológica que, en el ejercicio 2020, incurrió en gastos significativos en proyectos de desarrollo de software con componente innovador. En aquel momento, siguiendo el criterio vigente, decidió no consignar la deducción en su autoliquidación, a la espera de obtener el informe motivado del Ministerio de Ciencia e Innovación. En 2023, con el informe favorable en la mano, pretende aplicar la deducción en el ejercicio corriente, dentro del plazo de 18 años que permite el artículo 39.1 LIS.

Con el “nuevo” criterio de la DGT, esta empresa se encontraría con un valladar inesperado: la AEAT podría denegar la deducción por no haberla consignado en 2020, a pesar de que en ese momento no le era exigible hacerlo.

El TEAC reconoce que en estos casos debe prevalecer la confianza legítima, permitiendo la aplicación de la deducción sin consignación previa, siempre que se cumplan los requisitos materiales.

Ahora bien, el problema se agrava cuando la deducción fue generada en un ejercicio ya prescrito. Imaginemos una empresa industrial que en 2016 realizó una inversión en I+D+i que cumple todos los requisitos sustantivos, pero que no consignó la deducción en su autoliquidación de ese año. En 2024, al revisar sus posibilidades fiscales, decide aplicar la deducción en el IS 2023, dentro del plazo de 18 años. No obstante, al tratarse de un ejercicio prescrito, ya no puede rectificar la autoliquidación de 2016 ni obtener una liquidación administrativa que reconozca la deducción. Según el criterio de la DGT, la deducción no sería aplicable, lo que equivaldría a su pérdida definitiva, pese a haber sido válidamente generada.

El TEAC, sin embargo, reconoce que los gastos incurridos por la entidad en ejercicios ya “prescritos” (incluidos, claro está, en el citado plazo de 18 años) son  también válidos a efectos de aplicar la pretendida deducción en autoliquidaciones posteriores y ello, con independencia de que dicha deducción no hubiera sido previamente declarada por la interesada en la autoliquidación del ejercicio ya prescrito, por lo que los órganos de aplicación de los tributos deberán  proceder a comprobar si los gastos incurridos por la entidad en los ejercicios prescritos (incluidos en el citado plazo de 18 años) son válidos a efectos de aplicar la pretendida deducción y ello, con independencia de que dicha deducción no hubiera sido previamente declarada por la interesada.

4. Valoración crítica

Las dos resoluciones comentadas encuentran en la preservación del principio de confianza legítima su razón de ser; tal principio adquiere especial relevancia en el ámbito de la aplicación de los tributos por el sistema de autoliquidación sobre el que pivota nuestro ordenamiento jurídico desde el año 1978. El que recaiga sobre el contribuyente la obligación, no solo material del pago del tributo, sino la formal de declararlo, identificarlo, determinarlo, calcularlo, cuantificarlo y, en su caso pagarlo, supone un esfuerzo y una carga nada despreciable. A la opción por este sistema no ha sido ajeno el Legislador; entre otras razones, por eso se explican las obligaciones que recaen sobre la Administración de información y asistencia del artículo 85.2, b), c) y e), las actuaciones de comunicación del artículo 87.1, o las consultas del artículo 89 de la LGT a la que ya nos hemos referido.

Resulta manifiestamente contradictorio que un sistema que descansa en las espaldas del obligado tributario, cuando el contribuyente haya seguido el dictado o pautas de la Administración, un posterior cambio de criterio del aplicado, cualquiera que fuere el ámbito revisor en el que tuviera lugar, no deje a salvo y respete lo hasta ese momento practicado por el administrado, salvo que el nuevo criterio resultara más favorable a los intereses económicos o patrimoniales del contribuyente.

De esta manera el TEAC, en sus resoluciones, tamiza la aplicabilidad del nuevo criterio administrativo y corrige esta deriva interpretativa para los ejercicios anteriores al cambio de criterio, pero mantiene la exigencia para los posteriores, lo que sigue generando un riesgo jurídico relevante para los contribuyentes.

En este sentido, el TEAC otorga carta de naturaleza al “nuevo” criterio de la DGT, al sostener que, a partir de junio de 2022, la acreditación del derecho a aplicar la deducción solo puede realizarse mediante su inclusión en la autoliquidación del ejercicio de generación o su reconocimiento en una liquidación administrativa. Esta restricción es llamativa en un contexto en el que la propia Ley del Impuesto sobre Sociedades contempla un plazo específico de 10 años para la comprobación administrativa de las deducciones; y tiene especial incidencia en la acreditación de las deducciones de I+D+i, dada la complejidad práctica en muchos casos para la identificación de los proyectos concretos que dan derecho a la deducción o la identificación de los medios materiales y humanos que intervienen en cada proyecto de I+D+i y la cuantificación de sus costes. Además, para obtener mayor seguridad, en muchas ocasiones es recomendable solicitar el ya mencionado informe motivado, cuya obtención se produce habitualmente después de la presentación de la correspondiente autoliquidación del Impuesto sobre Sociedades.

5. Conclusión: una de cal y otra de arena.

Las resoluciones del TEAC de julio de 2025 constituyen un avance indiscutible en la consolidación de criterios interpretativos que refuerzan la seguridad jurídica y la previsibilidad en la aplicación de los incentivos fiscales a la I+D+i. Al reconocer la protección de la confianza legítima para los contribuyentes que actuaron conforme al criterio vigente antes del 24 de junio de 2022, el TEAC devuelve la necesaria certidumbre a un ámbito que había quedado atrapado en la ambigüedad administrativa.

Sin embargo, no puede obviarse que estas resoluciones también otorgan carta de naturaleza al nuevo criterio de la DGT, consolidando una interpretación que exige la consignación previa de la deducción en el ejercicio de generación a partir de junio de 2022. Este criterio presenta serias dudas de legalidad.

Además, este tipo de criterios administrativos perjudica directamente la competitividad de las empresas españolas, al introducir incertidumbre en la planificación fiscal de sus proyectos de innovación. Según el Instituto Nacional de Estadística, el gasto en I+D interno en España alcanzó los 22.379 millones de euros en 2023, lo que representa el 1,49% del PIB, aún lejos del objetivo del 2,12% fijado por la Estrategia Española de Ciencia, Tecnología e Innovación 2021–2027. El sector empresarial lidera esta inversión, ejecutando el 0,84% del PIB, lo que evidencia que cualquier obstáculo normativo o interpretativo tiene un impacto directo sobre el tejido productivo.

En cuanto al impacto sectorial, el “nuevo” criterio administrativo afecta de manera transversal a todos los sectores económicos, pero especialmente a aquellos con alta intensidad tecnológica, como el farmacéutico, el aeronáutico, el TIC, el agroalimentario y el energético. En estos sectores, la inversión en I+D+i es un componente estructural del modelo de negocio, y las deducciones fiscales representan un instrumento clave para su sostenibilidad financiera. Por ello, la adaptación al nuevo criterio debe abordarse como una prioridad estratégica.

Por ello, aunque celebramos la clarificación aportada por el TEAC, no debe confundirse la seguridad jurídica con la aceptación acrítica de un criterio administrativo que limita el acceso a un incentivo fiscal clave para la competitividad empresarial. La revisión judicial de este criterio será esencial para garantizar que la aplicación de la deducción por I+D+i se mantenga dentro de los márgenes de legalidad, equidad y buena administración que exige nuestro ordenamiento.

Como decíamos al inicio de este post la inestabilidad de los criterios administrativos es uno de los principales factores que reducen la eficacia de los incentivos fiscales a la innovación, debido a que este tipo de inversiones, por su naturaleza, requieren de horizontes a largo plazo y las decisiones son difíciles de revertir una vez acometidas.

Por ello, resulta esencial que los policy makers configuren un entorno normativo e interpretativo que no sólo incentive la innovación, sino que la proteja, evitando actuar como palancas a la innovación.

Bienvenidas sean estas resoluciones del TEAC; pero que no sean el punto final, sino el inicio de una revisión más profunda, garantista y alineada con las necesidades reales del tejido innovador.

María Teresa González Martínez

Abogada y Asesora Fiscal. Socia del Departamento de Procedimientos y litigios tributarios de E&Y Abogados

Lucía Payá Anglada

Abogada y Asesora Fiscal. Asociada senior en EY Abogados de E&Y Abogados